In der Diskussion um die Internalisierung externer Effekte (vor allem Umweltbelastungen) und um faire Wettbewerbsbedingungen der verschiedenen Verkehrsträger spielen Subventionierungen an die Luftfahrt eine zentrale Rolle.

In Deutschland besteht eine Steuerbefreiung für Luftfahrtbetriebsstoffe, die von Luftfahrtunternehmen für die gewerbsmäßige Beförderung von Personen, Sachen oder für die entgeltliche Erbringung von Dienstleistungen verwendet werden [BMF01b]. Die Basis dafür bildete die im Chicagoer Abkommen aus dem Jahr 1944 international beschlossene Steuerfreiheit für Luftfahrtbetriebsstoffe, um nach Beendigung des Zweiten Weltkriegs die Luftfahrt, den Wiederaufbau und die Weltwirtschaft zu fördern. Dies stellt eine Bevorteilung des Luftverkehrs gegenüber einigen anderen Verkehrsträgern dar. Ein Argument für eine Steuerbefreiung ist jedoch, dass der Luftverkehr seine Wegekosten durch Strecken- und Flughafengebühren weitgehend eigenständig finanziert, während Eisenbahn und Binnenschifffahrt bei den Wegekosten starke Unterstützungen/Subventionen erfahren [DVF03]. Um den Kohlenstoffdioxid-Ausstoß des Luftverkehrs zu besteuern, wurde im Jahr 2012 der innereuropäische Luftverkehr in das Europäische Zertifikatshandelssystem (ETS) eingebunden. Zudem wurde in Deutschland 2012 eine Luftverkehrssteuer eingeführt. Allerdings ist fraglich, ob durch die genannten Gebühren, Steuern und Zertifikatspreise die gesamten externen Effekte des Luftverkehrs abgegolten werden [Thie15]. Nach dem user pays and polluter pays-Prinzip der Europäischen Union (EU) sollte die Gesamtbelastung des Sektors die Gesamtkosten des Verkehrs einschließlich der Infrastrukturkosten und externen Kosten widerspiegeln [EuKom11m] (auch wenn dies aus rein ökonomischen Erwägungen nicht unbedingt nötig wäre; aus Umweltgesichtspunkten erhobene Einnahmen könnten durchaus zur Finanzierung der Infrastruktur verwendet werden).

Zum Vergleich: Die Straße leistet mit der Mineralölsteuer sowie der Lkw-Maut einen finanziellen Beitrag, der deutlich über (i) den Wegekosten des Straßensystems und auch über (ii) den externen Kosten von Umweltbelastungen durch die Straße liegt. Ob er auch die Summe der beiden Komponenten übersteigt, ist nicht sicher, aber auch nicht unbedingt nötig.

Außerdem gibt es Zuschüsse für die Deutsche Flugsicherung, die nach dem aktuellen Luftverkehrskonzept weiter steigen sollen. Zu den weiteren Subventionen wird die Bezuschussung von Flughäfen gezählt [GW98]. Nachdem die Nachfrage an Regionalflughäfen durch das Aufkommen von Low-Cost-Carrier (LCC) gestiegen war, wurden europaweit ehemalige Militärflughäfen mit Steuergeld zu Regionalflughäfen umgebaut. Zu geringe Auslastung und steigender Preiswettbewerb zugunsten der LCC führen dazu, dass sich die Regionalflughäfen oft nicht eigenständig tragen und auch im Betrieb subventioniert werden müssen. Subventionen dieser Art ergeben sich aus dem Wunsch von Ländern und Kommunen nach einer Anbindung an den Luftverkehr, nach Stärkung des Wirtschaftsstandortes oder einfach zur Schaffung beziehungsweise Sicherung von Arbeitsplätzen am Flughafen. Die Verzerrung des Wettbewerbs und der enorme Preisverfall veranlassten die EU (Amtsblatt 2014/C 99/03), die Subventionierung der laufenden Kosten von Flughäfen ab 2024 grundsätzlich zu verbieten. Ausnahmen sind nur nach klar definierten Kriterien möglich, wenn eine Region ohne Flughafen schwer erreichbar ist.

So steht die Versorgungsfunktion des Luftverkehrs in Griechenland für die Anbindung von größeren Inseln außer Frage. In solchen Fällen kann die Subventionierung von Flughäfen mit den gleichen Argumenten gerechtfertigt werden, wie in Deutschland diejenige des Schienenpersonennahverkehrs in der Fläche.

Dies trifft jedoch in Deutschland kaum zu. In Deutschland gibt es ein funktionsfähiges Netz des Schienenpersonennah- und -fernverkehrs sowie ein Straßennetz, welche alle Teile des Landes erreichen. Anstatt Flughäfen zu subventionieren könnten Länder auch versuchen, Schieneninfrastruktur oder Züge des Schienenpersonenfernverkehrs zu subventionieren. Auch Subventionen für schnelle Anbindungen nahegelegener Großflughäfen mit Zug, Straße, Bus wären grundsätzlich besser zu rechtfertigen als solche für Regionalflughäfen. Flughafenanbindungen dienen sowohl dem Motiv der regionalen Anbindung als auch dem Motiv der besseren Verknüpfung der verschiedenen Verkehrsträger.

Als indirekte Subventionierung von Fluggesellschaften sind auch andere staatliche Einnahmeausfälle und Bürgschaften zu betrachten. Das betrifft beispielsweise Fonds, die die Anschaffung von Luftfahrzeugen finanzieren und durch das Anwenden bestehender Abschreibungsvorschriften steuersparende Beteiligungen anbieten können [GW98]. Teilweise wird auch in der Mehrwertsteuerbefreiung im internationalen Luftverkehr eine Benachteiligung anderer Verkehrsträger gesehen.