Für die Nutzung der Hafeninfrastruktur sind von den Hafenkunden Hafennutzungsgebühren zu zahlen. Diese sind in der Regel transportmittelbezogen und weisen von Hafen zu Hafen Unterschiede in Höhe und Zusammensetzung auf.
Im Grünbuch über Seehäfen und Seeverkehrsinfrastruktur der EU-Kommission wurden 1997 die folgenden häufig vorkommenden Gebührenarten unterschieden [EuKom97a]:

Aufgrund der unterschiedlichen Strukturierung der Hafengebühren in den Mitgliedsstaaten wurde zur europaweiten Angleichung im Jahr 2017 die Verordnung 2017/352 beschlossen [EPREU17]. Diese legt für die EU einheitliche Regeln in Bezug auf Entgelte und finanzielle Transparenz für Hafendienste und Hafeninfrastruktur fest. Die Verordnung trat am 24. März 2019 in Kraft. In der Verordnung wird zwischen den Kategorien Hafeninfrastrukturentgelt [Artikel 12] und Hafendienstentgelt [Artikel 13] unterschieden. Die aktuelle Fassung (2020/697) vom 25. Mai 2020 [EPREU20] ermöglicht es den zuständigen Hafenbehörden, durch Erlassung, Aussetzung, Ermäßigung oder Stundung der Hafeninfrastrukturentgelte auf SARS-CoV-2-bedingte Zahlungsschwierigkeiten der Kunden zu reagieren.

Die Höhe und die Zusammensetzung der Hafennutzungsgebühren sind in den Hafentarifen festgeschrieben. Wesentliche Bestandteile der Hafennutzungsgebühren sind Hafengelder, Kaibenutzungsgelder, Liegegelder und Entgelte für die Entladung und Entsorgung von Schiffabfällen:

Hafengeld wird für das Anlaufen eines Hafens und die damit verbundene Nutzung der wasserseitigen Hafeninfrastruktur erhoben. Die Höhe des Hafengeldes kann abhängig von Schifftyp, Tiefgang und/oder Schiffgröße (Bruttoraumzahl (BRZ)) sein. Üblich sind Ermäßigungen für wiederholte Anläufe, bestimmte Schifftypen oder Schiffe mit besonderen, dem Umweltschutz dienenden Eigenschaften [VRS20].

Kaibenutzungsgeld wird für die Benutzung von Kaianlagen, Landungsbrücken oder anderen Hafenanlagen zu Umschlagzwecken erhoben. Die Höhe des Kaibenutzungsgeldes kann abhängig von Schiffgröße, Regelmäßigkeit des Anlaufs, Gutart und -gewicht sein.

Liegegeld ist in vielen Fällen bereits im Kaibenutzungsgeld enthalten, wird teilweise aber auch gesondert berechnet. Liegegeld wird in der Regel zeitabhängig und schiffgrößenabhängig erhoben und ist für die Inanspruchnahme eines Liegeplatzes zu zahlen [Brei97a].

Die Erhebung eines pauschalierten Entgelts für die Entladung und Entsorgung von Schiffabfällen wird seit 1. Januar 2003 durch die EU-Richtlinie 2000/59/EG vorgeschrieben [EPREU20a]. Diese wurde inzwischen durch die EU-Richtlinie 2019/883 [EPREU19] aktualisiert. Sie wird über Landesgesetze in nationales Recht umgesetzt. Dabei ist unabhängig von der tatsächlichen Abfallentladung von allen Schiffen ein Entgelt zu entrichten [Artikel 8]. So soll der Anreiz, Schiffabfälle illegal zu entsorgen, vermindert werden. Dieses Entgelt kann gesondert erhoben oder in das Hafengeld integriert werden.

Weitere Kosten, die bei einem Hafenanlauf entstehen können, sind Navigationsgebühren für die Inanspruchnahme von Lotsen und Schleppern, Gebühren für das Festmachen oder für die Nutzung von Straßen und Gleisen außerhalb des Umschlagsprozesses sowie zusätzliche Gebühren, die von Seiten des Terminals erhoben werden (sog. Terminal Handling Charge) [BiAl07, S. 238].
Die öffentliche Hafenfinanzierung und die Gebührensysteme für die Infrastrukturnutzung in den EU-Häfen wurde zuletzt 2006 in einer Studie im Auftrag der Generaldirektion der EU-Kommission für Mobilität und Verkehr (DG TREN) untersucht. In der Regel sind die erhobenen Hafennutzungsgebühren nicht kostendeckend, wobei starke Unterschiede zwischen einzelnen Ländern festgestellt werden können. Zudem ist keine Transparenz hinsichtlich der Kostendeckung der Infrastruktur durch die Hafenentgelte festzustellen [ISL06].