Wasserstraßen und Verkehrswasserbauwerke sind Bestandteil der Umwelt. Ihre Herstellung und ihr Betrieb haben daher auch ökologischen Anforderungen zu genügen. Ökologische Aspekte sind bei Eingriffen in das Oberflächen- und Grundwassersystem, bei der Konstruktion des Bauwerks und bei den verwendeten Baumaterialien zu berücksichtigen. Die EG-Wasserrahmenrichtlinie fordert die Erhaltung und ggf. die Wiederherstellung eines guten ökologischen Zustandes des Gewässers, der Ufer und des angrenzenden Geländes einschließlich des Untergrunds mit dem Grundwasser. Im Verbund der Ressortforschungseinrichtungen besteht für die Bearbeitung umweltbezogener Themen eine enge Partnerschaft mit BfG und BSH.