Jede Art von wirtschaftlicher und industrieller Aktivität, und somit auch der Betrieb von Häfen, hat einen Einfluss auf die Umwelt. Es sollte daher das Ziel sein, die nachteiligen Wirkungen auf die Umwelt zu minimieren. Dies ist insbesondere von Bedeutung, wenn neue Aktivitäten geplant oder bestehende Prozesse überarbeitet werden. Der Betrieb von Häfen verursacht mit seinen vielfältigen Aufgaben eine Vielzahl an direkten und indirekten Umweltwirkungen.
Die European Sea Ports Organisation (ESPO) erstellt jährlich eine TOP-10-Liste der Umweltprioritäten von Häfen. Für das Jahr 2021 sind dies [ESPO21]:

Diese Prioritäten haben sich im Vergleich zum Jahr 2020 [ESPO20] ausschließlich in der Reihenfolge verändert und sind nicht überschneidungsfrei. Aus wissenschaftlicher Sicht haben [Siro2021 ; Darb05; Troz00] die direkten und indirekten Umweltwirkungen von Häfen zusammengestellt. Ein wesentlicher Punkt sind Emissionen in die Luft wie Kohlenstoffdioxid, Stickoxide, Partikel, Schwefeldioxid, Kohlenwasserstoffe, Kohlenstoffmonoxid und Methan. Auch Lärm, Licht und Gerüche sind relevante Emissionen eines Hafens, die negative Auswirkungen auf Bevölkerung und Fauna haben können. Ebenfalls beträchtliche Umweltwirkungen haben die Abfälle, die beim Betrieb von Häfen oder Schiffen  entstehen und die im Hafen entsorgt werden müssen. Dazu gehören Plastik, Essensreste, Speiseöle, Hausmüll, feste Siedlungsabfälle, Müll aus Verbrennungsanlagen, Betriebsabfälle, passiv gefischte Abfälle , Tierkadaver, Fischereiausrüstung, Elektroschrott, Inertabfälle , Sondermüll und Baggergut. Auch flüssige Abfälle entstehen im Hafen und vor allem auf Schiffen, wie Bilgenwasser , Abwasser durch Tankreinigung, verschmutztes Ballastwasser, Öle, schädliche flüssige Stoffe, sanitäres Abwasser und auch Niederschlagswasser, die sachgerecht entsorgt werden müssen, um die Wasserqualität nicht negativ zu beeinflussen. Weiterhin beeinflusst auch die Hafenentwicklung die Umwelt auf Land- und auf Seeseite, was Ressourcen verbraucht, marine Ökosysteme verändern kann und Lebensräume an Land reduzieren oder verschlechtern kann.
Verursacht werden die Umweltwirkungen durch Aktivitäten im Hafen, die je nach Managementmodell des Hafens verschiedenen Verursachern zugeschrieben werden können. Darbra et al. [Darb05] strukturieren die Tätigkeiten unter Annahme des Landlordmodells nach Hafenbehörde, Pächtern im Hafengebiet und anderen Stakeholdern im Hafengebiet. Für die Hafenbehörde sind dies der unter anderem Küstenbau, Baggerarbeiten (unter anderem zur Wassertiefenerhaltung), schiffstechnische Aktivitäten, Administration und Planung, Schifffahrt und Navigation und Notfallsituationen und weitere. Bei den Pächtern im Hafen sind unter den umweltrelevanten Tätigkeiten Umschlagtätigkeiten, Lagerung, Industrieunternehmen im Hafen, Fischerei und Aquakultur, Schiffbau und -reparatur. Aktivitäten anderer Stakeholder, die die Umwelt negativ beeinflussen können, sind zum Beispiel Abfallwirtschaft, Instandhaltung von Hafenanlagen, landseitiger Verkehr, Tourismus und Bebunkerung.