Oberste Luftfahrtbehörde für zivile Luftfahrtangelegenheiten ist das Bundesverkehrsministerium (BMDV), darin zuständig die Abteilung für Luft- und Raumfahrt. Zu den wichtigsten Aufgaben des BMDV gehören die Zulassung deutscher Fluggesellschaften und die Überwachung ihrer Tarife, Flugpläne und Beförderungsbedingungen, die Genehmigung des internationalen Linienverkehrs, der Abschluss und Vollzug internationaler Luftfahrtabkommen sowie der Erlass von Rechtsverordnungen und die Ausarbeitung von Gesetzen und deren Überwachung.

Dem BMDV nachgeordnete Bundesbehörden sind das Luftfahrt-Bundesamt als technische Zulassungsbehörde sowie die Bundesstelle für Flugunfalluntersuchung (BFU) und das Bundesaufsichtamt für Flugsicherung (BAF), die gemeinsam mit der Deutschen Flugsicherung GmbH (DFS) ein beliehenes Unternehmen im Eigentum des BMDV für den sicheren Betrieb des deutschen Luftverkehrs sorgen. Das BAF führt die staatliche Aufsicht über die zivile Flugsicherung. Hintergrund seiner Gründung im Jahr 2009 ist die Initiative Single European Sky. Der ebenfalls dem BMDV unterstellte Flughafenkoordinator der Bundesrepublik Deutschland ist eine Behörde zur Koordination und verbindlichen Slotzuteilung an den deutschen internationalen Verkehrsflughäfen. Er wird seit dem Jahr 1995 ausschließlich von den Luftverkehrsgesellschaften getragen. Belange des Umwelt-, Lärm- und Verbraucherschutzes werden von BMDV und Luftfahrt-Bundesamt ebenfalls berücksichtigt, aber auch von den Fachministerien, dem Bundesumweltministerium (BMUV) und dem Bundesjustizministerium (BMJ). Die Deutsche Gesellschaft für Luft- und Raumfahrt e.V. (DLR) betreibt luftverkehrsbezogene Forschung. Sie gehört zur Helmholtz-Gemeinschaft und wird von der Bundesrepublik Deutschland betrieben.

Die Genehmigung sowie die Überwachung von Verkehrsflughäfen ist Aufgabe der Landesverkehrsministerien.

Die nationalen Interessen der deutschen Fluggesellschaften und Flughäfen werden durch den Bundesverband der Deutschen Fluggesellschaften (BDF) und der Arbeitsgemeinschaft Deutscher Verkehrsflughäfen (ADF) vertreten. Gemeinsam mit der Flugsicherung arbeiten die beiden Verbände im Rahmen des Bundesverbands der Deutschen Luftverkehrswirtschaft (BDL) zusammen. Darüber hinaus arbeiten im Rahmen der Initiative Luftverkehr für Deutschland die beiden größten deutschen Fluggesellschaften sowie Flughäfen gemeinsam mit der Flugsicherung und dem BDL an der Stärkung des Luftverkehrsstandorts Deutschland. Seit dem Treffen im November 2016 hat die ehemals zweitgrößte deutsche Fluggesellschaft Air Berlin ihren Betrieb eingestellt, sodass momentan nur eine Fluggesellschaft, die Lufthansa AG, Mitglied ist.

Das Board of Airline Representatives in Germany (BARIG) ist ein Zusammenschluss deutscher- und ausländischer Fluggesellschaften, um deren Interessen in Zielländern zu vertreten. Die Fluggesellschaften sind zudem Mitglieder des Bundesverbandes der Deutschen Tourismuswirtschaft (BTW), der Reiseveranstalter sowie teils auch des Bundesverbandes der Deutschen Luft- und Raumfahrtindustrie (BDLI) der Flugzeughersteller und Wartungsbetriebe (zum Beispiel Lufthansa Technik).

Die meisten Beschäftigten des Luftverkehrssektors werden von der Dienstleistungsgewerkschaft ver.di vertreten. Zusätzlich existieren die spezifischen Gewerkschaften der Piloten (VC-Vereinigung Cockpit e.V.), des Kabinenpersonals (Unabhängige Flugbegleiter Organisation, UFO) und der Flugsicherung (Gewerkschaft der Flugsicherung, GDF). Die Verbraucherzentrale Bundesverband e.V. (vzbv) vertritt Verbraucherinteressen. Flughafenanwohner haben sich in der Bundesvereinigung gegen Fluglärm e.V. organisiert.