Biokraftstoffe können aus Anbaubiomasse (Energiepflanzen wie Mais oder Raps) oder Reststoffen (zum Beispiel Holzabfällen) beispielsweise über Vergärung zu methanhaltigem Biogas sowie weitere, sich anschließende Verarbeitungsstufen gewonnen werden. Die Herstellung von Biokraftstoffen aus Anbaubiomasse (so genannte Biokraftstoffe der ersten Generation) führt jedoch zu Konkurrenzen mit der Nahrungsmittelproduktion sowie der stofflichen Verwendung. Zudem erbringen sie häufig nicht die erforderlichen Treibhausgas (THG)-Minderungen bei vergleichsweise geringer Flächeneffizienz. Die energetische Verwertung von Reststoffen (Biokraftstoffe der zweiten Generation) ist zwar ökologisch weniger bedenklich, ihr Mengenpotential ist aber begrenzt [SRU17, S. 81]. Auf der Nachfrageseite existieren ebenfalls Nutzungskonkurrenzen um die knappe Ressource Biomasse. Dies erfordert eine Überprüfung der zu Biomasse / Biokraftstoffen alternativen Optionen in konkurrierenden Energieverbrauchssektoren. [ISI17, S.3] gehen davon aus, dass sich der Biomasseeinsatz gegenüber heute tendenziell vom Strom- und Wärmesektor in bestimmte Industrieanwendungen sowie in den Luft- und Seeverkehr verlagert, da dort aus heutiger Sicht nur wenige und vergleichsweise teure Kohlenstoffdioxid (CO₂)-freie Alternativen zur Biomassenutzung existieren.

Dahingegen stehen Biokraftstoffe der dritten Generation in der Regel nicht in Konkurrenz zur Nahrungsmittelproduktion, besitzen einen geringeren Flächenbedarf sowie ein besseres Nachhaltigkeitsprofil. Biokraftstoffe der dritten Generation umfasst unter anderem Algen, deren Ertrag wesentlich höher ist als beispielsweise bei Raps und durch die Nutzung von Tanks Ackerboden eingespart wird. Die Produktion von Treibstoff aus Algen ist jedoch sehr aufwendig. Sie befindet sich noch im Stand der Erforschung und spielt daher derzeit keine Rolle für die Kraftstoffversorgung. [ARDA21; SeEh18; WeSc17]

Das inländische Potential fester und gasförmiger Stoffe aus Biomasse beziffert [UBA14d, S. 55] auf 202 Terrawattstunden (TWh) pro Jahr. Erzeugte man aus dem gesamten Festbrennstoffpotential Biokraftstoffe der zweiten Generation, könnten daraus jährlich etwa 81 TWh Biokraftstoffe gewonnen werden [UBA14d, S. 54]. [UBA14d] schlussfolgern für ihr Szenario mit 100 Prozent erzeugten erneuerbaren Energien, dass Kraftstoffe aus Abfallbiomasse nur einen sehr begrenzten Beitrag zur Emissionsminderung des Verkehrssektors leisten können [UBA14d, S. 54]. Die technische Nutzung von Solar- und Windenergie liefere erheblich höhere flächenspezifische Energieerträge als die energetische Nutzung von Anbaubiomasse [UBA14d, S. 251], weshalb in dieser Studie 2050 statt Kraftstoffen aus Biomasse ausschließlich strombasierte Treibstoffe zum Einsatz kommen. Ähnlich empfehlen [BCPr18] den Einsatz der begrenzten Menge inländisch verfügbarer Biomasse vor allem für den Industriesektor, um dort Kohle und Gas in der industriellen Nieder- und Mitteltemperaturwärmeerzeugung zu ersetzen [BCPr18, S. 10].

Im Gegensatz dazu werden im 80 Prozent-Reduktionsszenario von [ISI17] im Verkehrssektor ausschließlich Biokraftstoffe statt Power-to-X (PtX) sowie - zu geringeren Anteilen - Treibstoffe aus fossilen Quellen eingesetzt. Dies liegt einerseits an den unterstellten Kosten und Potentialen für die Erzeugung von Biokraftstoffen und den Kosten für die strombasierte Herstellung von Wasserstoff und daraus folgend für synthetische Kohlenwasserstoffe wie zum Beispiel synthetisches Methan andererseits. Aus Strom erzeugtes Methan als Basisstoff für Power-to-Gas (PtG)- und Power-to-Liquid (PtL)-Lösungen kostet 2050 nach [ISI17, S. 3] auch inklusive CO₂-Preis ein Vielfaches von fossilem Erdgas. Daneben erlaubt ein Minderungsziel von 80 Prozent im Gegensatz zu strikteren Zielen die Nutzung von fossilen Energieträgern in Bereichen, die sich nur schwer auf regenerative Energiequellen umstellen lassen. Es gibt bei einer 80 prozentigen Reduktion nach [ISI17] also keinen zwingenden Grund, synthetische Kraftstoffe auf Strombasis einzusetzen. Die Autoren räumen allerdings ein, dass diese Einschätzung bei höheren Vermeidungszielen einer Überprüfung unterzogen werden sollte.