"Allgemein besteht die Hauptaufgabe der Warenwirtschaftssysteme [...] in der mengen- und wertmäßigen Steuerung des Güter- bzw. Warenflusses im Rahmen der Supply-Chain von Handelsunternehmen" [Hert11, S. 241]. Dafür werden die Warenströme mit Hilfe von Softwareprogrammen in einem Unternehmensprozessmodell abgebildet. Es lassen sich vier Ebenen definieren [Hert99, S. 3 ff.]. Die Prozesse in den Ebenen sind abhängig voneinander; die Funktionalität des Warenwirtschaftssystems basiert auf Wechselwirkungen zwischen ihnen. In Abbildung 1 sind die vier Ebenen mit beispielhaften Prozessen und ihren Wechselwirkungen dargestellt.

In der Warenprozessebene sind die physischen Warenflüsse abgebildet. Erfasste Prozesse und Daten betreffen beispielsweise Warenein- und -ausgang, Transport, Lagerbewegung und Kommissionierung [Hert11, S. 12].

Die in der Dispositionsprozessebene abgebildeten Prozesse sind nicht direkt auf Waren bezogen, werden jedoch durch Warenprozesse ausgelöst beziehungsweise lösen selbst Warenprozesse aus. Hier ist beispielsweise der Prozess Warenbestellung abgebildet, welcher durch ein Unterschreiten des in der Warenprozessebene erfassten Lagerbestandes ausgelöst werden kann. Der Prozess Auftragseingang hingegen kann die zur Erfüllung des Auftrags notwendigen Prozesse wie Kommissionierung, Warenausgang und Transport auslösen. Weitere beispielhafte Prozesse sind Rechnungseingang, Lieferscheinerstellung und Inventur [Hert11, S. 12 f.].

In der Abrechnungsprozessebene werden die Vorgänge der Waren- und Dispositionsprozessebene anhand von verhandelten Preisen und Konditionen wertmäßig abgebildet, sodass eine Bewertung der Warenströme ermöglicht wird. Die elementaren Prozesse Warenaus- und eingang bewirken beispielsweise Be- oder Entlastungen betreffender Leistungsstellen [Hert11, S. 13 und S. 244].

In der Informations- und Planungsprozessebene werden die Informationen aus den übrigen Ebenen und ihren Prozessen zusammengetragen, um für Planung, Steuerung und Controlling verwendbar gemacht zu werden. Sortimente, Preise und Bestände können durch Auslösen von Vorgängen in der Waren-, Dispositions- und Abrechnungsprozessebene gesteuert, kontrolliert und optimiert werden. Durch das Auslösen von Transport- und Kommissioniervorgängen lässt sich das Verkehrsaufkommen der Handelsunternehmen beeinflussen. Aus verkehrspolitischer Perspektive ist daher insbesondere diese Ebene von Bedeutung. Abhängig von den Bedürfnissen in der Lieferkette lassen sich jeweilige Ziele verfolgen. Beispielsweise lässt sich die Fahrtroute hinsichtlich minimaler Lieferzeit oder kürzester Strecke optimieren. Des Weiteren beeinflusst die Wahl der Transportmodi Kosten und Lieferzeiten, aber auch zum Beispiel die Be- oder Entlastung der Straße und anderer Transportinfrastrukturen. Es kann Einfluss auf das Verkehrsaufkommen in unmittelbarer Nähe zu den Betrieben genommen werden, indem beispielsweise die Lieferverkehre so geplant werden, dass Staus und daraus folgende Wartezeiten durch die Vermeidung von Hauptverkehrszeiten und durch eine zeitliche Verteilung der Lieferungen verhindert werden. 

Grundsätzlich optimieren Warenwirtschaftssysteme nach internen Vorgaben. Die Belastung der Verkehrsinfrastruktur lässt sich durch sie nicht direkt optimieren, indirekt wird jedoch ein Einfluss ausgeübt. Bei integrierten, also unternehmensübergreifenden Warenwirtschaftssystemen müssen für die teilweise konträren Ziele, die die Teilnehmer der Lieferkette haben, entsprechende Lösungen gefunden werden; beispielsweise ist die Industrie an konstanten und großen Abnahmemengen interessiert, während der Handel eine Just-In-Time-Belieferung bevorzugt [BeWi04]. Warenwirtschaftssysteme können durch eine effiziente Planung und Steuerung der Warenströme zu einem Ausgleich der Konflikte führen. Im konkreten Fall können zum Beispiel zwischen Industrie und Handel Lager zwischengeschaltet werden, die sowohl die konstanten Diskrepanzen als auch die Schwankungen bezüglich der Warennachfrage puffern. Diese Lager sind in ein gemeinsames Warenwirtschaftssystem integriert, sodass die Bedürfnisse beider Teilnehmer mittels eines optimierten Gesamtprozesses befriedigt werden können.

Die erfassten Daten aus allen Ebenen können für die weitere Verwendung im Controlling und Marketing anschaulich aufbereitet und zur Verfügung werden. Neben den intern erfassten Daten können Zusatzinformationen wie Lieferantenbewertungen mit einbezogen werden [Hert11, S. 245 und 362 ff.].