Wie eine mögliche Kooperation in Deutschland auf Unternehmerseite aussehen könnte, hatte bereits ein Projektbericht von UNICONSULT aus dem Jahr 1998 beschrieben: Zur Verbesserung der Wettbewerbsposition der deutschen Seehäfen und zur Attraktivitätssteigerung der Hinterlandanbindung der deutschen Seehäfen wird empfohlen, dass die deutschen Seehäfen beziehungsweise die einzelnen Seehafenterminalbetreiber in Bezug auf die Gestaltung und Organisation von Hinterlandverkehren per Bahn weitgehend kooperieren. Ziel muss es dabei sein, dass die deutschen Seehafenterminalbetreiber selbst in die Position der Anbieter von Hinterlandverkehren per Bahn kommen, denn nur so ist es möglich, exklusive Angebote zu etablieren, die sich von den Hinterlandverkehren von und zu den Westhäfen unterscheiden [Unic98, S. 108].

Zur Stärkung der Wettbewerbsfähigkeit der Häfen finden diese horizontalen Kooperationen zwischen benachbarten Hafenplätzen, mit Korrespondenzhäfen und mit Binnenhäfen bereits statt. Beispiele sind die Kooperation von Hamburg und Lübeck (die Übernahme des CTL-Cargo Terminal Lehmann in Lübeck durch die HHLA und Containershuttlezüge), die Fusion von BLG und Eurokai zu Eurogate und die Zusammenarbeit der Hafenplätze Lübeck, Ventspils und Stettin. Ferner haben sich neun Hafenstandorte an der Schleswig-Holsteinischen Nordseeküste - Büsum, Brunsbüttel, Dagebüll, Helgoland, Husum, Rendsburg-Osterrönfeld, Wyk auf Föhr, sowie die Sylter Häfen Hörnum und List - im Jahr 2010 zu einer engen Zusammenarbeit mit dem Schwerpunkt Offshore-Windpark-Logistik entschlossen. Aktuell laufen Gespräche über eine Allianz der deutschen Nordseehäfen in Bremen, Hamburg und Wilhelmshaven [tOnl22].

Bei Umschlagbetrieben, besonders im Containerumschlag, sind Tendenzen zur Ausweitung der Tätigkeiten auf mehrere Häfen deutlich sichtbar. Ziele der Hafenkooperation können sein: die weitere Markterschließung, Know-How-Transfer, Attraktivitätssteigerung der Hinterlandanbindungen durch hafenplatzübergreifende Maßnahmen. Unter anderem Vertikale Kooperationen haben eine Ausweitung der Kontrolle der Häfen auf weitere Teile der Logistikkette beziehungsweise den Aufbau von Transportketten zum Ziel. Hafenunternehmen positionieren sich dadurch zunehmend als Netzwerk- und Logistik-Provider.

Trotz einer Reihe von positiven Beispielen ist festzustellen, dass eine wirkliche Vernetzung zwischen Häfen kaum stattfindet. Die Ursachen werden primär auf der organisatorischen Ebene gesehen, in den Geschäftsprozessen und Hafenordnungen. Hier herrscht oftmals ein lokales Denken und Handeln vor [ISL03, S. 212]. Laut eines 2019 erschienenen Gutachtens des Wissenschaftlichen Beirats beim Bundesminister für Verkehr und digitale Infrastruktur sind hafenübergreifende Kooperationen unter Einsatz von informationstechnologischen Möglichkeiten notwendig, um die Wettbewerbsfähigkeit der deutschen Seehäfen sicherzustellen [WisB19]. Der WWF Deutschland kritisiert angesichts der Elb- und Weservertiefung die mangelnde Bereitschaft der norddeutschen Häfen zusammenzuarbeiten. Eine Kooperation könne laut einer Studie aus dem Jahr 2013 den Flussausbau unnötig werden lassen und Gelder könnten anderweitig genutzt werden [Endr13; WWF13]. Dabei wäre der JadeWeserPort als "Transshipment" Hafen vorgesehen, einer Zwischenstation der Güter, bevor sie auf kleineren Schiffen Hamburg und Bremen erreichten. Der JadeWeserPort war als Gemeinschaftsprojekt der Häfen Hamburg, Bremen und des Landes Niedersachsen gestartet. Hamburg war 2002 aus dem Projekt ausgestiegen um sich auf den Ausbau des eigenen Hafens und die Elbvertiefung zu konzentrieren.