Die EU-Kommission hatte im Juni 2009 eine auf polnische und schwedische Initiative zurückgehende Mitteilung über eine EU-Ostseestrategie [EuKom09g] einschließlich eines Aktionsplans vorgelegt, die am 29./30.10.2009 vom Europäischen Rat angenommen wurde. Ziel war es, die Entwicklung der Region mit einem integrierten Ansatz zu unterstützen, indem die Aktivitäten der Akteure auf den unterschiedlichen Ebenen zusammengeführt, aufeinander abgestimmt und optimiert werden sollten. Damit wurde in der EU erstmalig eine solch umfassende Strategie für eine Makroregion entwickelt. Zusätzliche Finanzmittel, neue Rechtsvorschriften oder der Aufbau weiterer Strukturen waren nicht vorgesehen. Vielmehr sollten vorhandene Strukturen, Steuerungsinstrumente und Investitionsmittel effizienter genutzt werden.

Die EU-Kommission sieht in ihrer Mitteilung den Ostseeraum als Modellregion, die in vieler Hinsicht sehr unterschiedlich ist, aber auch vor einer Anzahl gemeinsamer Probleme steht, welche die Annahme einer gemeinsamen Strategie rechtfertigen. Die Herangehensweise zur Erarbeitung und für die Umsetzung der Strategie wird als mögliches Modell für weitere EU-Makroregionen gesehen [Joe09, S.2].

Die Strategie formulierte zunächst als sogenannte Pfeiler Leitbilder für die Entwicklung des Ostseeraums zu einer:

Diese Schwerpunkte waren anfangs in insgesamt 15 Aktionsbereiche (priority areas) unterteilt, die wiederum 80 Demonstrationsprojekte (flagship projects) umfassten. Jeden Aktionsbereich koordinierten 1 - 2 Länder. Deutschland war für die Bereich 2 Erhaltung der Naturräume und der biologischen Vielfalt, auch im Fischereibereich und 12 Ausbau der Attraktivität des Ostseeraums, Maßnahmen in Bildung, Tourismus und Gesundheit zuständig.
Weiterhin wurden bereichsübergreifende horizontale Maßnahmen bestimmt, insbesondere für die Entwicklung integrierter maritimer Governance-Strukturen und die maritime und terrestrische Raumplanung, darunter das Projekt BONUS-169 aus dem 7. Forschungsrahmenprogramm, das einen ökosystembasierten Ansatz mit einer Schnittstelle zwischen Wissenschaft und Politik kombiniert  [EUKom09m; EuKom09g, S.10].

Mehrheitlich begrüßt wurde in der Konsultationsphase der Plan, die Nördliche Dimension(ND) die 1999 vereinbarte gemeinsame Politik der EU, Norwegens, Islands und der Russischen Föderation zum externen Pfeiler der Ostseestrategie zu machen. Im Rahmen der ND bestehen Partnerschaften in den Bereichen Umwelt und Gesundheit, Transport und Logistik sowie Kultur.

Die Idee und Umsetzung der Ostseestrategie traf in der Vorbereitung und Umsetzung neben Zustimmung auch auf vielfältige Kritik [ScKr09, S.3; Jan10, S.341; Tai10; EUKom09m]:

Die Ostseestrategie soll in Zukunft immer dann evaluiert und aktualisiert werden, wenn ein Ostseeanrainer die EU-Ratspräsidentschaft innehat: Estland 2017, Finnland 2019, Deutschland 2020, Schweden 2023, Polen 2025 und Lettland 2028. 
Ein erstes Jahresforum mit über 500 Teilnehmern fand im Oktober 2010 in Tallinn statt, bei dem die Europäische Kommission einen Zwischenbericht [EUKom10c] vorlegte. Daraus ging hervor, dass der Fortschritt in den einzelnen Prioritäten recht verschieden ist, in Abhängigkeit vor allem von der zuvor bereits bestehenden Zusammenarbeit. Die meisten Demonstrationsprojekte wurden gestartet. Die Finanzierung der Projekte und der laufenden Arbeit aus bestehenden Programmen erwies sich problematischer als erwartet.
In den Schlussfolgerungen der Workshops wurden mehrere der oben genannten Kritikpunkte wieder aufgegriffen, es wurde jedoch die politische Ausstrahlung des Programms als hilfreich für die Umsetzung und Finanzierung vieler Projekte hervorgehoben. Die Kooperation mit Russland wurde in mehreren thematischen Workshops als wesentlich für den Erfolg genannt.

Auf Basis der bis dahin gemachten Erfahrungen wurden Mitte des Jahres 2012 neue allgemeine Ziele der EU-Ostseestrategie definiert, um der Strategie einen stärkeren Fokus zu geben [EuKom13f, S.8]:

Im Februar 2013 wurde der neue "Action Plan" der Europäischen Kommission zur EU-Ostseestrategie ausgegeben. Dabei wurden 17 Aktionsbereiche (priority areas) und 5 horizontale Maßnahmen definiert, für die typischerweise ein Mitgliedsstaat die Koordination übernimmt. Dieser Mitgliedstaat befindet sich im engen Austausch mit den anderen Stakeholdern, wie zum Beispiel regionalen und nationalen Ämter, und zwischenstaatlichen und nichtstaatlichen Organisationen [EuKom13f, S.9].

Im Zuge des Vorsitzes Lettlands im Rat der Europäischen Union 2015 wurde der Aktionsplan zur EU-Ostseestrategie erneut überarbeitet und auf dem 6. EUSBSR-Jahresforum, das am 15. und 16. Juni 2015 in Jurmala (Lettland) stattfand, vorgestellt. Die zukünftigen Schwerpunkte sind

• eine stärkere Fokussierung der Strategie;
• eine stärkere politische Führung und Entscheidungsbefugnisse seitens der betroffenen Länder und Regionen;
• klar definierte Zuständigkeiten, wirksame Koordinierung und Bereitstellung ausreichender Ressourcen für den Umsetzungsprozess [EUSBSR19].