Neben technischen Inkompatibilitäten, welche einen Übergang von Fahrzeugen zwischen den Bahnnetzen verschiedener europäischer Länder behindern, existieren noch weitere Hemmnisse. Diese ergeben sich aus unterschiedlichen betrieblichen Abläufen und Vorschriften, oder bei grenzüberschreitenden Verkehren. Dabei lassen sich vier wichtige Problembereiche identifizieren:

• systembedingte Dispositionsprobleme der Bahnen
• voneinander abweichende Trassenpreissysteme
• grenzüberschreitende Einsatz von Triebfahrzeugführern
• transport- und zollrechtlich bedingte Grenzaufenthalte

Im Vergleich zum Straßenverkehr ist die Eisenbahn aufgrund der Schienengebundenheit und vergleichsweise geringen Netzdichte unflexibel, was zu Dispositionsproblemen führt. Dies bedeutet, dass kurzfristige und einmalige Transportangebote schwer durchführbar sind, da diese einen äußerst aufwendigen Planungsprozess erfordern. Insbesondere bei Verkehrsdienstleistungen auf grenzüberschreitenden Relationen entsteht bei Eisenbahnverkehrsunternehmen ein vergleichsweise hoher administrativer Aufwand [DVF97, S. 56].
Da einschlägige EU-Richtlinien den Mitgliedsstaaten einen verhältnismäßig großen Gestaltungsspielraum einräumen, existieren in Europa strukturelle Unterschiede bei der Festlegung von Infrastrukturnutzungsentgelten. Ein- beziehungsweise mehrstufige Trassenpreissysteme erschweren den Verkehrsunternehmen die Entgeltkalkulation für die Fahrwegbenutzung, sowie eine Kostenoptimierung für Betriebskonzepte im grenzüberschreitenden Verkehr [HeRo18, S. 15-20]. So kann beispielsweise die Planung eines internationalen Verkehrsangebots unter Umständen drei unterschiedlichen Ansätze zur Trassenpreisgestaltung unterworfen sein: ein Staat verlangt einen festen Betrag für die Infrastrukturnutzung, ein anderer eine Abgabe pro Person und ein weiterer ein Entgelt pro Zug [OGM02, S. 25 ff.; MoWe09, S. 430 ff.].

Bereits bei nationalen Verkehren schränkt die vom jeweiligen Triebfahrzeugführer vorzuweisende Streckenkenntnis den flexiblen Einsatz des vorhandenen Fahrpersonals ein. Im grenzüberschreitenden Verkehr muss es zudem mehrere Sicherungssysteme, abweichende Betriebsabläufe (zum Beispiel Rechts-Links-Verkehr) und Arbeitsplatzumgebungen (unterschiedliche Gestaltung des Führerstands) beherrschen. Dies bedeutet, dass sich das Personal unter zusätzlichem Schulungsaufwand mit den entsprechenden Gegebenheiten vertraut machen muss [DVF97, S. 58 f.; BoSt09, S. 47 ff.].
Grundlegend haben souveräne Staaten das Recht, Personen und Güter, die ihre Grenzen überschreiten, zu kontrollieren. Während an den Grenzen zwischen EU-Mitgliedsstaaten eher betriebliche als rechtliche Hindernisse im Vordergrund stehen, kommt es bei vielen Zügen beim Übergang zu osteuropäischen Nachbarstaaten zu langen Grenzabfertigungsaufenthalte. Diese betrieblichen Barrieren innerhalb der EU-Mitgliedsstaaten, welche oft betriebliche Hürden darstellen, sollen mithilfe von Fahrzeugen, die die Anforderungen verschiedener nationaler Infrastrukturen erfüllen, abgebaut werden. Die damit verbundene, auf internationaler Ebene erforderliche Fahrzeugzulassung ist ein integraler Bestandteil dafür, dass sogenannte Mehrsystem-Lokomotiven wirtschaftlich attraktiv gestaltet werden können [DVF97, S. 62; Zöll11, S. 7 ff.].