Ein sicherer und nachhaltiger Hafenbetrieb erfordert den Ausschluss beziehungsweise die Minimierung von Gefahren sowohl für die in der Hafengemeinschaft Tätigen als auch für die im Umfeld Lebenden und die natürliche Umwelt.
Diese Auffassung folgt dem vom Rat der Europäischen Union für nachhaltigen Verkehr formulierten allgemeinen Ziel: "Sicherstellen, dass Verkehrssysteme den wirtschaftlichen, sozialen und ökologischen Ansprüchen genügen, bei gleichzeitiger Minimierung von nachteiligen Auswirkungen auf Wirtschaft, Gesellschaft und Umwelt." [EURat06, S.10].
Nach dieser allgemeinen Zielbestimmung bestehen drei Achsen nachhaltiger Entwicklung mit wirtschaftlichen, ökologischen und sozialen Dimensionen, die sich auch auf die Seehäfen übertragen lassen. [vgl. TraVi09, S. 179f.]

Auf der Unternehmensebene reflektiert sich dieser Zusammenhang auch in dem abgestimmten Normensystem zur Zertifizierung der Qualität (ISO 9000), des Umwelmanagements (ISO 14000) und der Lieferkettensicherheit (ISO 28000).

Die Verlagerung von Verkehren von der Straße auf den Wasserweg ist einer der Hauptwege zur nachhaltigen Verkehrsentwicklung. Als Knotenpunkte des Verkehrs spielen Häfen dabei eine wichtige Rolle beim Umschlag von Gütern beziehungsweise dem Umstieg von Personen zwischen see- und landgestützten Verkehrsträgern. Sie leisten damit einen entscheidenden Beitrag zur Integration der Verkehrsträger in ein ganzheitliches System. In den Seehäfen werden Güterströme gebündelt. Dies ermöglicht eine kosteneffiziente Abwicklung der Verkehrsströme.
Ein schneller und kostengünstiger Umschlag ist entscheidende Voraussetzung für die Wettbewerbsfähigkeit intermodaler Verkehre. Intermodale Verkehre erfordern gegenüber ungebrochenen Verkehren zusätzliche Umschlagvorgänge. Die damit verbundenen Kosten, Risiken und Zeitverluste können die Vorteile des intermodalen Verkehrs aufzehren und den Transport mit dem umweltfreundlichen Verkehrsträger Seeschiff wirtschaftlich unattraktiv werden lassen [Bött02]. Seehäfen spielen daher eine entscheidende Rolle bei der Förderung und Integration des Kurzstreckenseeverkehrs in die multimodale Transportkette und der Verbesserung seiner Wettbewerbsfähigkeit.

Für eine nachhaltige Verkehrsentwicklung müssen die Häfen selbst auch ressourcen- und klimaschonend und emissionsarm arbeiten. Damit verbunden sind folgende Problempunkte: Die Hafentätigkeiten verursachen häufig Lärmemissionen, die teilweise rund um die Uhr auftreten können. Der Umschlag von Schüttgütern kann mit erheblichen Staubbelastungen verbunden sein. Der Ausbau der Seehäfen erfordert oft große Flächen, die aufgrund einer stadtnahen Lage vieler Häfen nur begrenzt zur Verfügung stehen. Beim Ausbau der Fahrrinnen und Hafenbecken fallen große Mengen Baggergut an, die aufgrund einer spezifischen Belastung gesondert behandelt werden müssen. Um die genannten Auswirkungen der Seehafentätigkeit so gering wie möglich zu halten, müssen Schutzmaßnahmen ergriffen werden. Einige Häfen (beispielsweise Hamburg, Lübeck, Helsinki) sind bereits dazu übergegangen, Umweltbilanzen nach dem Vorbild großer Industriebetriebe aufzustellen [Wen08, S.11f].

Sicherheitsfragen im Seeverkehr betreffen einerseits die betriebliche Sicherheit (safety) und andererseits die Abwehr äußerer Gefahren (security), als Verkehrs- und Datenknoten sind sie hochgradig sicherheitsrelevant [Jeni04].
In Verbindung mit Sicherheitsfragen in und um Seehäfen sind drei Themenkomplexe hervorzuheben:

Bei der Abwehr äußerer Gefahren in Seehäfen (security) geht es generell um die Kontrolle der Bewegung von Personen in sensiblen Bereichen. Hauptmittel dazu sind Zugangskontrollen. Nach den Terrorangriffen vom 11.09.2001 wurden international, auf Ebene der EU und national umfangreiche Regelungen und Maßnahmen zur Gefahrenabwehr im Seeverkehr getroffen. [Wild04; Orde04]

Als Schnittstelle See/Land spielen die Seehäfen eine wichtige Rolle für die Sicherheit in der Seeschifffahrt. Dabei geht es auch hier hauptsächlich um die Kontrolle der Bewegung von Personen und das Fernhalten Unbefugter [Esch04; Clau04].

Für die Sicherheit im Containerverkehr im Besonderen sind wegen des hohen Gefährdungspotenzials weitere Maßnahmen in Seehäfen durchzuführen, die zum Teil erhebliche Aufwendungen nach sich ziehen.

Bei der betrieblichen Sicherheit in Seehäfen (safety) sind unter anderem folgende Teilgebiete zu erwähnen: