Im Hinblick auf die organisatorische Zuordnung der Regulierung kann grundsätzlich danach differenziert werden, ob die Regulierung auf einer zentralen oder dezentralen staatlichen Ebene verankert ist und ob eine sektorspezifische oder -übergreifende Organisation für die Regulierung verantwortlich ist.

Bei einer Ansiedlung der Regulierungskompetenz auf zentraler Ebene, das heißt in Deutschland auf Bundesebene, können grundsätzlich Skaleneffekte realisiert werden, insbesondere in Bezug auf das Know-how des Regulierers. Dies betrifft weiterhin den Aufbau einer (positiven) Reputation des Regulierers bezüglich seines Verhaltens, die die dazu bestehende Unsicherheit bei den beteiligten Akteuren (unter anderem die regulierten Unternehmen) und die damit einhergehenden Kosten verringert. Ferner vereinfacht eine zentrale Kompetenzzuordnung die Standardisierung der Regulierung, was ebenfalls zu einer Reduktion von (Transaktions-)Kosten beiträgt. Darüber hinaus kann generell eine höhere räumliche Konsistenz der Regulierung erwartet werden, das heißt das unter Berücksichtigung der Regulierungsziele beziehungsweise -prinzipien vergleichbare Sachverhalte zu entsprechend vergleichbaren Regulierungsentscheidungen führen. Für eine dezentrale Struktur, das heißt in Deutschland eine Regulierung auf Landesebene, sprechen in erster Linie höhere Vor-Ort-Kenntnisse des Regulierers.

Bei Flughäfen dürften insgesamt die identifizierten Vorteile einer zentralen Regulierungsverantwortung deren Nachteile deutlich überwiegen [MoKo16]. Insbesondere aufgrund der geringen Anzahl von Flughäfen, die bei einer dezentralen Lösung in die Zuständigkeit des jeweiligen Regulierers fallen, dürfte sich der mehrfache Aufbau von Regulierungs-Know-how nicht lohnen. Dabei ist ferner zu berücksichtigen, dass sich die Flughäfen im Hinblick auf ihre Charakteristika oftmals signifikant unterscheiden, was das Problem der geringen Anzahl von Flughäfen pro Regulierer bei einer dezentralen Struktur verschärfen kann [MoKo16]. 

Eine sektorübergreifende Regulierungsbehörde kann Synergieeffekte in Bezug auf das Know-how mit der Regulierung in anderen Sektoren nutzen, was wiederum zu einer Reduktion der Transaktionskosten der Regulierung beiträgt [HaKr04]. Ferner dürfte die Gefahr von so genanntem "Regulatory Capture" beziehungsweise der Beeinflussung durch Stakeholder grundsätzlich geringer sein, da eine sektorübergreifende Organisation weniger anfällig für branchenspezifische Verflechtungen beziehungsweise Einflussnahme sein dürfte [HaKr04 und Hauc08]. Des Weiteren dürfte eine sektorübergreifende Organisation prinzipiell eher geneigt sein, ein Unternehmen aus der Regulierung zu entlassen beziehungsweise eine geringere Regulierungsintensität zu wählen, da sich ihre Existenzberechtigung nicht ausschließlich aus der sektorspezifischen Regulierung ergibt. Für eine sektorspezifische Organisation sprechen gegebenenfalls höhere sektorspezifische Kenntnisse. Allerdings dürfte das diesbezügliche Know-how insbesondere vom Umfang der personellen beziehungsweise finanziellen Ausstattung einer Organisation abhängen. Insofern könnten derartige Kenntnisse grundsätzlich auch in einer sektorübergreifenden Organisation aufgebaut beziehungsweise angesiedelt werden.

Insgesamt dürften die Argumente vielfach eher für eine sektorübergreifende Regulierungsorganisation sprechen, die dann auch für Flughäfen zuständig sein sollte.