Der Umschlag ist die ursprüngliche und zentrale Funktion der Binnenhäfen und findet dort mit und auf dem Verkehrsträger Binnenwasserstraße statt. Da viele Häfen trimodale Standorte sind, bieten sie auch unabhängig vom Binnenschiff die Möglichkeit des Umschlags zwischen Lkw und Bahn [MVEL05, NMWAV07].

Eng verbunden mit der Umschlagfunktion ist die Schnittstellenfunktion. Hierbei verbinden Binnenhäfen als trimodale Standorte die Verkehrsträger Wasserstraße, Schiene und Straße miteinander. Sie ermöglichen damit intermodale Verkehre, für die verschiedene Verkehrsmittel eingesetzt werden. Ein Beispiel hierfür ist ein Transport per Binnenschiff von einem Seehafen bis zu einem Binnenhafen und von dort aus im Nachlauf mit der Bahn (vorwiegend bei Massengut) beziehungsweise per Lkw (vorwiegend im Containerverkehr). Intermodale Verkehre sind in jeder Kombination der drei Verkehrsmittel denkbar [MVEL05, NMWAV07].

Binnenhäfen können darüber hinaus auch als Standorte für Industrie und Handel fungieren. In vielen Binnenhäfen waren oder sind traditionell viele Industrieunternehmen angesiedelt, die den Anschluss an die Binnenwasserstraße nutzten (aber nicht in allen Fällen heute noch nutzen), um kostengünstig Vorprodukte zu beziehen oder Endprodukte zu versenden. Diese Industriefunktion wird am deutlichsten bei den Werkshäfen, die im Regelfall ausschließlich der Versorgung eines Industrieunternehmens dienen. Ein Beispiel ist der Werkshafen von Thyssen-Krupp in Schwelgern. Aber auch in öffentlichen Häfen sind häufig Industrieunternehmen angesiedelt. In vielen Fällen war der für das Massengut typische Kostenvorteil der Binnenschifffahrt ausschlaggebender Faktor bei der Standortwahl [MVEL05, NMWAV07]. Auch Automobilkonzerne wie beispielsweise Audi im Hafen- Gewerbegebiet Logport II am Rhein erkennen die Chance der trimodalen Hafenstandorte für sich und mieten teilweise große Anlagen in unmittelbarer Hafennähe [DVZ14c].

Mit der Übernahme der Verkehrs-, Produktions- und Handelsfunktion können Binnenhäfen das logistische Rückgrat für das Funktionieren binnenländischer Agglomerationen bilden und die Ver- und Entsorgung dicht besiedelter Gebiete und materialintensiver Gewerbe sicherstellen. Gleichzeitig sind sie logistische Knoten, die eine Verlagerung von Transporten auf die Wasserstraße und die Schiene erst ermöglichen. Diese besondere infrastrukturelle Schnittstellenfunktion bewirkt, dass ein Binnenhafen an seinem Standort und dessen Hinterland die Gründung von Industrien unterstützt beziehungsweise sogar erst ermöglicht. Daher können Binnenhäfen für ihre Regionen eine bedeutende Stellung einnehmen. Für die Wettbewerbsfähigkeit von Logistikstandorten ist Trimodalität eine zentrale Bedingung. Sie bildet die Voraussetzung für die Gestaltung effizienter Logistikketten. Dies kann insbesondere an den Rheinhäfen verdeutlicht werden, wo sich die Binnenhäfen zu bedeutenden Industriestandorten entwickelt haben [FlSc11]. Trimodale Transportangebote von Binnenhäfen sind als Standorte für Unternehmen zunehmend gefragt, da sie Kostensenkungen versprechen und gleichzeitig an die Seehäfen und relevante Produktions- und Konsumzentren angebunden sind [VR13a, BjPi10].