Für die regionale Zusammenarbeit im Ostseeraum besteht eine ganze Reihe von Organisationen und Foren für die verschiedensten Gebiete, sodass die Situation zum Teil bereits als zu unübersichtlich angesehen wird. Für den Bereich des Seeverkehrs bedeutsame werden im Folgenden vorgestellt.

Für die Behandlung von Grundfragen der Ostseeregion treten seit 1996 die Regierungschefs von Dänemark, Estland, Finnland, Deutschland, Island, Lettland, Litauen, Norwegen, Polen, Russland und Schweden sowie die Präsidenten des EU-Rates und der Europäischen Kommission alle zwei Jahre zu informellen Ostsee-Gipfelkonferenzen zusammen [BUND12].

Die Regierungschefs betrachten den jährlich tagenden Ostseerat (CBSS) der Außenminister als das relevante zwischenstaatliche Forum für die grundsätzliche Koordinierung der Ostseezusammenarbeit. Ein vierteljährlich tagender Ausschuss hoher Beamter (Committee of Senior Officials) mit 25 Mitgliedern koordiniert die Tätigkeit des CBSS. Für die Koordinierung der laufenden Arbeit besteht ein permanentes Sekretariat mit Sitz in Schweden. Mit der Riga-Erklärung 2008 hat sich der Ostseerat zu einer grundlegenden Reform und Neuausrichtung verpflichtet. Neben einer stärkeren Projektausrichtung steht die Koordinierung mit anderen Regionalforen des Ostseeraumes und mit EU-Politiken, insbesondere der Nördlichen Dimension und der EU-Ostseestrategie, im Fokus. Ende 2009 wurde eine unter deutschem Co-Vorsitz stehende Expertengruppe Meerespolitik des Ostseerats neu eingerichtet [EuKom09g].

Die Ostseeparlamentarierkonferenz (BSPC) ist das parlamentarische Forum der Ostseeregion. Sie wurde 1991 gegründet mit dem Ziel, eine gemeinsame Identität innerhalb der Ostseeregion durch eine engere Zusammenarbeit zwischen den nationalen und regionalen Parlamenten zu fördern. Schwerpunktthemen sind Umweltpolitik, maritime Sicherheit, wirtschafts- und sozialpolitische Fragen, Energiepolitik. Die Konferenzen der Ostseeparlamentarier finden jährlich statt. Gremien sind ein Erweiterter Ständiger Ausschuss und ein Ständiger Ausschuss sowie Arbeitsgruppen zu wechselnden aktuellen Themen.
Vertreten sind nationale und regionale Parlamente sowie das Europäische Parlament mit jeweils vier bis fünf Delegierten, Europarat, Nordischer Rat und OSZE.

Die Verkehrsministerkonferenz der Ostseeländer tagt zweijährlich. Seit 2001 besteht eine Ad-Hoc Working Group on Transport (WGT), deren Aufgabe es ist, die Umsetzung der Gdansker Erklärung der 4. Konferenz der Verkehrsminister zu überwachen. Die Erklärung definierte unter anderem folgende Schwerpunkte der Zusammenarbeit:

In enger Verbindung mit der Verkehrsministerkonferenz stehen zwei von der Europäischen Kommission geleitete Arbeitsgruppen: Working Group on Waterborne Transport in the Baltic Sea Region (Arbeitsgruppe Seeverkehr im Ostseeraum) und Joint Group of Baltic Port Committee (Koordinierungsausschuß Ostseehäfen).

Die Konferenz der Subregionen des Ostseeraumes (BSSSC) ist ein Forum für die Zusammenarbeit zwischen an der Ostsee gelegenen regionalen Gebietskörperschaften. Gegründet 1993, bemüht sie sich darum, die regionale Identität zu stärken und Einfluss auf die interregionale Zusammenarbeit sowie den kulturellen Dialog im Ostseeraum zu nehmen. Zu den prioritären Politikbereichen gehören Verkehr und Infrastruktur wie auch allgemein maritime Fragen. Hierzu wurde eine Arbeitsgruppe eingesetzt, die einen Bericht zur Infrastrukturplanung im Ostseeraum vorlegte [BSSSC19].

Die Union of Baltic Cities, ein Netzwerk mit über 100 Partnerstädten aus den zehn Anrainerstaaten, verfügt ebenfalls über eine Transportkommission, die sich vor allem mit Fragen des Stadtverkehrs befasst, aber auch mit den sich aus der Hafenstadtrolle fast aller größeren Städte ergebenden Aufgaben und Problemen [UBC19].

Die Baltic Ports Organization (BPO) wurde 1991 gegründet und hat 41 Mitgliedshäfen in den Ostseeanrainern sowie 7 freundschaftliche Mitglieder [BPO18]. In ihrer Satzung definiert die Organisation folgende Ziele: