Die Schiffbarmachung von Flüssen wird häufig im Zusammenhang mit dem Hochwasserschutz thematisiert. Die Begradigung, Kanalisierung und Verbauung von Flüssen hat vielerorts zu einer Verschärfung der Hochwassergefahr geführt, da dies die aufnehmbare Wassermenge der Flüsse reduziert und die Flussgeschwindigkeit des Wassers erhöht [BUND02]. Der Hochwasserschutz steht damit im Konflikt mit Natur- und Umweltschutzbelangen auf der einen Seite und den Anforderungen der Binnenschifffahrt hinsichtlich der Schiffbarkeit von Wasserstraßen auf der anderen Seite [SwZe12].

Gleichzeitig hat Hochwasser negative Auswirkungen auf den Betrieb der Binnenschifffahrt sowie auf weitere, landgebundene Verkehrsträger. Im Zuge des Hochwassers an zahlreichen Flüssen und Kanälen in Mitteleuropa im Jahr 2013 entstanden in Deutschland Schäden an Straßen, Bahntrassen und Wasserstraßen in einem hohen dreistelligen Millionenbetrag. An der Elbe, die mit am schlimmsten von der Hochwasserkatastrophe betroffen war, hatte der Hafen Magdeburg mit 9 Millionen Euro die höchste Schadenssumme zu verzeichnen. Die Flut bedrohte zudem die Existenz der insbesondere kleinen, familiengeführten Binnenschiffer, für die der finanzielle Verlust auf 1.500 Euro pro Schiff und Tag geschätzt wird [WäKn13].

Um die Hochwassergefahr von Ausbau und Neubauvorhaben an Bundeswasserstraßen zu mindern, sind verkehrswasserbauliche Maßnahmen der Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes, die auf die Verbesserung der Verhältnisse für die Schifffahrt abzielen, auf die Gesetze zum Hochwasserschutz abzustimmen. Dabei gilt: Der Bund finanziert Schutzmaßnahmen soweit, dass nach der verkehrlichen Ausbaumaßnahme mindestens das Hochwasserschutzniveau erreicht wird, das vor dem Ausbau bestand. Dazu werden die Auswirkungen von Ausbaumaßnahmen auf die hydraulisch-morphologischen Verhältnisse und auf die Hochwasserabfuhr berücksichtigt. Die wissenschaftliche Untersuchung führt die Bundesanstalt für Wasserbau durch. In der Regel werden Ausbauvorhaben durch kompensatorisch wirkende Maßnahmen ergänzt, zum Beispiel durch Reaktivierung von Retentionspotenzialen (Entsiegelungen, Deichrückverlagerungen) oder durch die Eintiefung von Fahrrinnen. In erster Linie sind jedoch die Länder für ihren Hochwasserschutz zuständig [PLANCO07b; PLANCO07a].

Im Jahr 2002 reagierte die Bundesregierung auf das damalige Hochwasser an der Elbe mit einem 5-Punkte-Programm zum vorbeugenden Hochwasserschutz. Hierzu gehörte die Überprüfung der Ausbauvorhaben des BVWP 2003 auf Hochwasserneutralität [BMVBS05b]. Im Ergebnis konnte für fast alle Projekte eine negative Auswirkung auf den Hochwasserschutz ausgeschlossen werden. Nur bei einem Projekt wurde eine, allerdings nur geringfügig erhöhte Hochwassergefahr festgestellt.